La nuova linea Arcisate-Stabio è il primo valico transfrontaliero tra Italia e Svizzera senza una stazione di confine e permetterà l'apertura anche della linea Varese-Porto Ceresio, quando saranno terminati i lavori di potenziamento infrastrutturale e tecnologico. La parte italiana del tracciato è lunga otto chilometri, dal ponte sul fiume Olona a nord di Varese fino al confine di Stato, per poi proseguire in Svizzera dove s'innesta nella linea Stabio-Mendrisio. Le principali opere sono il viadotto a sette campate di 450 metri che attraversa la valle del torrente Bevera, la Galleria Induno lunga circa 950 m, e la Galleria Bevera lunga 970 m tra Arcisate e Cantello e il ponte Baranzella lungo 40 m.

Sulla linea Varese-Porto Ceresio sono terminate opere per il consolidamento statico di ponti e scarpate, realizzati camminamenti pedonali, rinnovati 10mila metri di binario lungo tutta la tratta, rinnovati il sistema di alimentazione elettrica dei treni a 3 kV e tutti gli impianti di sicurezza e segnalamento. Inoltre, le stazioni di Porto Ceresio e Bisuschio sono state ammodernate con la realizzazione di nuovi marciapiedi di stazione alti 55 cm, nuove pensiline, riqualificazione degli ambienti, nuovi sistemi di informazione al pubblico e percorsi per persone a ridotta mobilità e con disabilità.